黒幕については、作者が朝日新聞のコメントで2006年時点において既にフルネームで登場していると明かしており、その時点で単行本53巻まで発表済み。6巻で登場している田中知史はこの条件を満たしています。
また、作者はその巻を教えると、すぐに犯人が誰だかわかってしまうという発言もしているため、おそらくですが、その人物は複数の巻に登場するレギュラーキャラではなく、特定の巻だけに登場するゲストあるいはその話限りで逮捕されて二度と出てこない人物のいずれかであると考えられます。
その視点で絞ると、予想に多く上がっているアガサ博士や光彦君はレギュラーキャラで、複数の単行本を跨いで登場するため、除外できます。

次に、あの方をローマ字表記するとＡＮＯＫＡＴＡとなるのですが、このアルファベットを全てフルネームに含む人物は、登場人物の中で唯一、ＴＡＮＡＫＡ　ＴＯＭＯＦＵＭＩただ一人。
これは意外とハードルが高く、ＴＡＮＡＫＡで、ＡＮＯＫＡＴＡのうちの6文字を使ってしまいます。同じく、ＮＡＫＡＴＡや、ＮＡＫＡＯ、ＯＮＡＫＡ・・・といった、日本人に多くある苗字だけでも、ＡＮＯＫＡＴＡのかなりの部分の文字と重複するので、意図的に人名を設定しないと、簡単に名前の部分で残りの文字と被ってしまう該当人物が複数出てきてしまいます。（例えば、ＴＡＮＡＫＡ姓の場合、残りの文字はＯだけ。
これは、名前にＯを含む人名が一切使えないということを意味する）

ここからは私の推測ですが、作者はまさかコナンという作品がここまでの大作になるとはこの時点では予想していなかったのではないでしょうか？そのため、あの方のアナグラムが作者の親戚と同名の人物であるという伏線は、種明かしの際のインパクトとしては十分すぎるほどのものでしょうが、すぐにバレてはつまらないため、後付けで黒の組織の設定や活動、Ｎｏ．２の存在など、ここまで話を膨らませざるを得なくなったという印象を持っています。
（本当は、もっと早い段階で種明かししたかったのではないでしょうか？）
もっとも、本当にそうなら、ここまで話を大きくしたのは非常に功を奏しており、まさか田中知史が黒幕であるなどという発想に至った者はほとんどいないようです。
カモフラージュとしては大成功と言えるでしょう。

初期のコナンは、今の作風よりも推理モノよりの作風であったため、登場人物で唯一あの方のアナグラムが当てはまる人物が黒幕であるというのは、当時の作風から考えて、作者が好んで使いそうな設定だと思います。（当時はダイイングメッセージなど好んで残していましたからね）

また、田中知史は証券会社で株式の不正取引に関与してたという設定があり、不正な相場操縦のプロだったとしたら、資産家の烏丸蓮耶の財産を不正に操作していたといった後付け設定に対応できるキーパーソン足り得ます。それどころか、現実世界でも資産家の裏についているプライベートバンカーや証券会社の資産運用担当者のような立場にあったとすれば、烏丸は表の顔、裏から金融市場を不正に牛耳っていたという設定がなされても不自然ではない人物でもあります。
特に、最近、公式で烏丸が黒幕であるという展開になっているようなので、真の黒幕たる人物であるためには、巨額の財産を所有、あるいは自在に操作できる人物であることが必須条件になると考えられます。
そのような人物は、政財界の影の実力者、巨大企業の経営幹部、または銀行・証券関係の人間であると推測されます。

黒づくめの組織のトップほどの権力者であれば、むしろ刑務所の中に収監されている方が表に顔が出ず好都合なのかもしれませんね。この手の推理作品において、一度逮捕された犯人が、読者の記憶からすぐに忘れられてしまうという心理的な穴もねらっているように思われます。

当然、組織のボスともなれば、警察内にも内通者がいるとみるのが自然でしょう。
また、常時監視がされている刑務所内からなら、あの方からの連絡がメール主体であるのも納得がいきます。（メールができる機器ぐらいは内通者に持ち込んでもらうことができるor代わりに発信してもらうことは可能でしょうが、さすがに、電話を堂々とかけるのはまずいでしょうから）

長くなりましたが、以上のことから、作者の親戚と同名であり、ほとんどの読者から既に忘れ去られているであろう田中知史が真の黒幕、「あの方」であると推理して致します。