データ消去するならポットが過去を変えたい、過去にデータを送る、ポット(セーブデータ)が壊れますがよろしいですか？とかにしないとおかしな話になっちゃう。

そもそもA2と9Sが最後に戦うこと自体よくわからんのよ。そこはやはり2Bと9Sが戦ってこそ絶望的な悲劇である気がするんだけど。それぞれのストーリーで泣きながら相手を倒して救いはないのかよ！って悲しみからのデータ消去エンドで救われるニーアが見たかったのに、プレイヤー置いてきぼりの感情移入できないストーリーのせいでゲームが薄くなってしまってるのが勿体なさすぎる、と感じました。

こんなんならセーブデータ消す必要なんかないじゃん…(´・ω・`)
オンラインストレージにセーブデータアップロードした時に間違ったせいで少し手前からやり直す羽目になってやり直したのに、昨日見たエンディングまた見ただけでしたよ？

セーブデータ消すのと消さないのとでエンディングはどう違うんでしょう？
それとも発売から大分経ってゲームのアップデートでエンディング見れるようにしちゃったのかな？ヽ(´ｰ｀ )ﾉ

消すを選択すると、文字通り全て消えます。
チャプターも含めて全部です。見れなくなります。

そのため、消す前に他エンディング、サブクエストもクリアしておくことをおすすめします。
サブクエストや他エンディング条件は上のリンク先にありました。

また、セーブデータを消さない方法もあります。上の記事の中ほどにリンクがあったと思います。参考になれば幸いです。